Pada awal penubuhan Majlis Daerah Kota Tinggi dikenali sebagai Lembaga Bandaran di mana sebahagian Pentadbiran adalah di bawah pentadbiran Pihak Kerajaan. Pada 01 April 1961, Lembaga Bandaran telah ditukar kepada Majlis Bandaran di mana keseluruhan pentadbiran menjadi Badan Berkanun dan Kewangan Berautonomi serta mendapat bantuan pemberian dari Kerajaan Negeri.

Pada 01 Januari 1977, Majlis Daerah Kota Tinggi melalui penyusunan semula Penguasa-Penguasa Tempatan di Malaysia Barat dengan menyatukan beberapa buah Penguasa Tempatan mengikut kuasa yang diberikan di bawah Seksyen 10 Akta Kerajaan Tempatan 1976 (Akta 171) (Peruntukan-Peruntukan Sementara) 1973 untuk diterbitkan dalam satu Lembaga Pengurus.